Die Gegend um Agia Pelagia besteht aus vielen verschiedenen Buchten und besticht durch eine sanfte Hügellandschaft, die mit Olivenhainen bedeckt ist. Der Hauptort war zu Beginn des 20. Jahrhunderts noch ein einfaches Fischerdorf, entwickelte sich aber im Laufe der Jahre zum gern besuchten Ausflugsziel und Ferienort. Er liegt in der gleichnamigen Bucht, knapp 20 Kilometer nordwestlich der Hauptstadt Kretas, Heraklion.